在Linux中，PHP可以通过多种方式管理文件系统。以下是一些常用的方法：
文件操作函数：PHP提供了一系列内置的文件操作函数，如fopen(), fclose(), fread(), fwrite(), file_get_contents(), file_put_contents()等，用于创建、读取、写入和删除文件。
目录操作函数：PHP也提供了目录操作函数，如opendir(), closedir(), readdir(), mkdir(), rmdir()等，用于创建、删除和遍历目录。
文件权限和属性：PHP可以获取和设置文件的权限和属性，如chmod(), chown(), chgrp(), stat()等。
文件上传：PHP支持文件上传功能，可以使用$_FILES全局数组来处理用户上传的文件。
文件下载：PHP可以通过设置适当的HTTP头信息来实现文件下载功能，例如使用header()函数设置Content-Type和Content-Disposition。
文件锁：PHP提供了文件锁定机制，可以使用flock()函数来实现对文件的锁定和解锁，以避免多个进程同时访问同一文件时发生冲突。
JSON和XML处理：PHP可以轻松地处理JSON和XML格式的数据，可以使用json_encode(), json_decode(), simplexml_load_file()等函数来解析和生成JSON和XML文件。
使用第三方库：有许多第三方库可以帮助您更好地管理Linux中的文件系统，例如Composer包管理器可以用来安装和管理各种PHP库。
在使用这些功能时，请确保遵循最佳实践，例如检查文件和目录的权限，避免潜在的安全风险。