可以在运行时改变System.setProperty()的值，但是需要注意的是改变之后会影响整个应用程序的行为。一般来说，建议在应用程序启动时设置System.setProperty()的值，避免在运行时频繁改变。如果需要在运行时改变System.setProperty()的值，可以通过调用System.setProperty()方法来实现。但是要注意改变之后可能会影响到其他部分代码的行为，需要谨慎处理。