在Debian上运行的Tomcat服务器中，防止SQL注入的最佳实践包括以下几点：
使用预编译语句（PreparedStatement）：预编译语句是防止SQL注入的最有效方法。它们将查询和数据分开，使得攻击者无法通过输入恶意数据来改变查询的结构。在使用Java进行数据库操作时，尽量使用PreparedStatement而不是Statement。
参数化查询：参数化查询是一种将参数与SQL查询分开的方法，从而防止攻击者在查询中插入恶意代码。确保所有用户输入都作为参数传递给查询，而不是直接将其拼接到查询字符串中。
使用ORM框架：对象关系映射（ORM）框架，如Hibernate或MyBatis，可以帮助您更安全地处理数据库操作。这些框架通常会自动处理参数化查询和预编译语句，从而降低SQL注入的风险。
输入验证：对用户输入进行严格的验证，确保它们符合预期的格式。例如，如果期望输入一个整数，那么不要接受包含字母或其他字符的值。可以使用正则表达式或Java的内置验证方法来实现这一点。
使用Web应用防火墙（WAF）：部署一个Web应用防火墙，如ModSecurity，可以帮助您识别和阻止SQL注入攻击。WAF可以根据一组预定义的规则检查HTTP请求，并阻止那些可能包含恶意代码的请求。
最小权限原则：为数据库用户分配尽可能少的权限。这样，即使攻击者成功地执行了SQL注入攻击，他们也只能访问有限的数据。例如，如果您的应用程序只需要读取数据，那么不要给数据库用户分配写入权限。
定期更新和修补：确保您的Debian系统、Tomcat服务器和数据库软件都是最新版本，并应用了所有安全补丁。这可以帮助您防止已知的安全漏洞被利用。
遵循这些最佳实践可以显著降低在Debian上运行的Tomcat服务器中遭受SQL注入攻击的风险。