如果PHP不能直接修改文件内容，可以尝试以下几种方法：
使用PHP的文件读取和写入函数来实现修改文件内容的功能。可以先读取文件内容到内存中，修改后再写回文件。
使用命令行工具或其他编程语言来修改文件内容。可以编写一个脚本，在其中调用系统命令或其他语言的库来实现文件内容的修改。
使用FTP或其他文件传输工具下载文件到本地，然后在本地修改内容，再上传回服务器。
使用数据库来存储文件内容，通过PHP来操作数据库实现文件内容的修改。
需要根据具体情况选择合适的方法来实现文件内容的修改。