在使用C#语言开发应用程序时，可以采取以下方法来保障ONNX Runtime的安全性：
使用最新版本：确保使用最新版本的ONNX Runtime库，以获取最新的安全更新和修复漏洞。
输入验证：在将输入数据传递给ONNX Runtime之前，进行严格的输入验证和数据清洗，以防止恶意输入数据导致安全漏洞。
权限控制：在应用程序中实现适当的权限控制，限制ONNX Runtime的访问权限，确保仅有授权的用户或系统可以调用ONNX Runtime。
日志记录：实现详细的日志记录功能，记录ONNX Runtime的调用信息和执行结果，以便及时检测和应对潜在的安全问题。
异常处理：实现恰当的异常处理机制，及时捕获和处理ONNX Runtime的异常情况，避免敏感信息泄露或应用程序崩溃。
安全审计：定期对应用程序和ONNX Runtime进行安全审计，检查是否存在潜在的安全风险，并及时修复问题。
通过以上方法，可以有效提升C#应用程序中使用ONNX Runtime的安全性保障水平。