在Ubuntu上配置JSP应用时，安全性是一个非常重要的考虑因素。以下是一些建议，帮助你提高JSP应用的安全性：
最小权限原则：确保运行JSP应用的用户权限尽可能小。例如，使用 www-data 或 tomcat 等专门的用户来运行应用，而不是使用 root 用户。
配置文件权限：确保只有必要的服务和用户才能读取或修改它们。
禁用目录列表：在JSP页面中禁用目录列表，以防止用户直接访问服务器上的其他文件。在 web.xml 中配置 directory-listing 元素为 false。
使用HTTPS：启用SSL/TLS来加密客户端和服务器之间的通信，防止中间人攻击。获取并安装SSL证书，配置Web服务器（如Tomcat）以使用HTTPS。
输入验证和过滤：对所有用户输入进行验证和过滤，以防止SQL注入、跨站脚本（XSS）等常见攻击。使用JSP标准标签库（JSTL）和表达式语言（EL）来简化输入处理和输出编码。
会话管理：使用安全的、随机生成的会话ID。设置合理的会话超时时间，并在必要时使会话无效。在 web.xml 中配置会话管理相关参数，如 session-config。
错误处理：配置自定义的错误页面，避免向用户显示详细的错误信息，这可能会泄露敏感信息或被恶意用户利用。记录错误日志，但只在服务器端显示详细的错误信息。
访问控制：使用基于角色的访问控制（RBAC）来限制用户对特定资源和操作的访问。在应用逻辑中实施访问控制检查，确保用户只能执行他们被授权的操作。
安全头：设置安全响应头，如 Content-Security-Policy、X-Content-Type-Options、X-Frame-Options、Strict-Transport-Security 等，以增强浏览器的安全性。在Web服务器配置中添加这些头信息，或使用过滤器来动态设置它们。
定期更新和打补丁：定期更新JSP应用、Web服务器和相关组件到最新版本，以修复已知的安全漏洞。监控安全公告和漏洞数据库，及时应用安全补丁。
日志和监控：启用详细的日志记录，包括访问日志、错误日志和安全日志。使用日志分析工具来监控异常行为和潜在的安全威胁。配置入侵检测系统（IDS）或入侵防御系统（IPS）来检测和响应安全事件。
备份和恢复：定期备份JSP应用和数据，确保在发生安全事件或数据丢失时可以快速恢复。测试备份和恢复过程，确保它们的有效性。
安全编码实践：遵循安全编码标准和最佳实践，如OWASP Top 10等。对开发人员进行安全培训，提高他们的安全意识和技能。
请注意，安全是一个持续的过程，需要定期评估和调整安全策略以应对新的威胁和挑战。