要建立一个在日本直连VPS上的网站，您可以按照以下步骤进行操作：
购买日本直连VPS：选择一个可靠的VPS提供商，购买一个位于日本的直连VPS服务。确保选择一个适合您需求的VPS套餐，并确认该VPS具有足够的资源来运行您的网站。
配置VPS环境：一旦您购买了VPS，您将收到VPS的登录凭据。使用SSH客户端（如PuTTY）连接到VPS，然后根据提供商的说明进行基本的系统配置，例如安装所需的软件和更新操作系统。
安装网站服务器：选择适合您的需求的网站服务器软件，常见的选择有Apache、Nginx等。根据您选择的服务器软件，按照相应的文档和教程进行安装和配置。
配置域名和DNS：购买一个域名并将其指向您的VPS的IP地址。在域名注册商的控制面板中配置DNS记录，确保将域名解析到VPS的IP地址上。
创建网站内容：根据您的需求和网站类型，创建网站的内容。这可能包括编写HTML、CSS和JavaScript代码，创建数据库等。
部署网站：将您的网站文件上传到VPS上的网站根目录。这个目录通常是在服务器配置期间指定的。确保文件和目录的权限设置正确，并配置服务器以正确地提供网站文件。
测试和优化：在将网站公开之前，进行一些测试，确保网站在VPS上正常运行。测试网站的加载速度和性能，并根据需要进行优化。
上线网站：当您确认网站已经准备就绪并且在VPS上正常运行时，您可以将其公开并开始吸引访问者。
需要注意的是，建立一个成功的网站不仅仅是搭建技术，还需要考虑网站设计、内容策划、营销等方面。如果您对建站不太熟悉，可能需要寻求专业的帮助或参考相关的在线教程和资源。