在Debian上运行的MySQL数据库，防止SQL注入的最佳实践包括以下几点：
使用预处理语句（Prepared Statements）：预处理语句是一种将参数与SQL查询分开的方法，从而避免了SQL注入的风险。使用预处理语句时，参数值不会被解释为SQL代码的一部分。在PHP中，可以使用PDO或MySQLi扩展来实现预处理语句。
使用存储过程（Stored Procedures）：存储过程是一组预先编写好的SQL语句，可以在数据库中执行。通过使用存储过程，可以将参数值与SQL代码分开，从而降低SQL注入的风险。
使用ORM（对象关系映射）库：ORM库可以将数据库表映射到编程语言的对象，从而简化了数据库操作。许多ORM库（如Hibernate、Entity Framework等）已经内置了防止SQL注入的功能。
对用户输入进行验证和转义：在将用户输入插入到SQL查询中之前，应该对其进行验证和转义。可以使用正则表达式或其他方法来验证输入数据的格式，确保它们符合预期的范围。此外，可以使用数据库提供的转义函数（如MySQL的mysqli_real_escape_string()）来转义特殊字符。
使用最小权限原则：为数据库用户分配尽可能少的权限，以减少潜在的攻击面。例如，如果用户只需要从表中读取数据，那么不要授予他们写入或删除数据的权限。
定期更新和修补漏洞：保持MySQL数据库和Debian系统的更新，以修复已知的安全漏洞。可以订阅安全通知，以便在新的漏洞被发现时及时了解。
监控和审计：定期检查数据库日志，以检测潜在的SQL注入攻击。可以使用自动化工具来监控异常行为，并在发现可疑活动时发送警报。
遵循以上最佳实践，可以大大降低在Debian上运行的MySQL数据库受到SQL注入攻击的风险。