MySQL协议版本差异可能会导致以下问题：
兼容性问题：不同版本的MySQL协议可能存在不同的特性和功能，因此客户端和服务器之间可能会出现兼容性问题，导致某些功能无法正常使用。
性能问题：不同版本的MySQL协议可能对性能有影响，某些旧版本的协议可能存在性能问题，导致数据传输速度变慢或者服务器端处理能力下降。
安全问题：较旧版本的MySQL协议可能存在安全漏洞，客户端和服务器之间的通信可能会受到攻击或者数据泄露。
因此，在使用MySQL数据库时，建议尽可能使用最新版本的协议，以确保系统安全性和性能。同时在进行升级或迁移时，需要注意客户端和服务器端的协议版本是否匹配，避免出现兼容性问题。