在MySQL的配置文件中，配置的优先级主要取决于以下几个因素：
全局配置文件（如my.cnf）中的配置项具有最高的优先级。这意味着在全局配置文件中定义的配置项会覆盖其他配置文件中相同配置项的值。
在全局配置文件中引用的其他配置文件中的配置项的优先级次之。这些文件通常存放在conf.d目录中，并使用include命令引入。
在启动MySQL服务器时通过命令行参数传递的配置项的优先级最低。如果在命令行参数中指定了某个配置项，它将覆盖其他配置文件中相同配置项的值。
总的来说，全局配置文件中的配置项优先级最高，其次是conf.d目录中引入的配置文件，最后是命令行参数传递的配置项。因此，为了避免混淆和冲突，建议尽量避免在多个地方同时定义相同的配置项。