Gemma模型的软件实现工具主要有以下几种：
Gemma软件包：Gemma软件包是用于实现Gemma模型的一个基于R语言的工具包，提供了用于进行遗传关联分析的各种函数和工具。
PLINK：PLINK是一个用于进行基因关联分析和基因组数据处理的常用工具，可以用于实现Gemma模型中的线性混合模型分析。
TASSEL：TASSEL是一个用于进行群体遗传学分析的工具，可以用于实现Gemma模型中的群体结构和亲缘关系校正。
GCTA：GCTA是一个用于进行遗传相关性和遗传变异分析的工具，可以用于实现Gemma模型中的遗传相关性校正。
Eigensoft：Eigensoft是一个用于进行基因组PCA分析和种群结构分析的工具，可以用于实现Gemma模型中的种群结构校正。
这些工具可以根据具体的研究需求来选择和结合使用，以实现对Gemma模型的全面和有效的分析。