在Debian系统上处理Tomcat日志中的慢查询问题，可以参考以下步骤：
首先，确保Tomcat的慢查询日志功能已启用。可以通过查看Tomcat的配置文件server.xml来确认慢查询日志的相关配置。例如，可以设置maxThreads、minSpareThreads、maxConnections等参数来优化Tomcat的性能。
使用工具如pt-query-digest来分析慢查询日志。例如，可以使用以下命令来提取和分析慢查询：
pt-query-digest /path/to/tomcat/logs/catalina.out --filter '$event->{arg} =~ m/WHERE/' --limit 10
根据分析结果，优化Tomcat的配置文件server.xml，调整连接器（Connector）参数，如增加maxThreads以提高并发处理能力，调整acceptCount以控制接受连接请求的速度，禁用DNS查找以节省时间等。
检查应用程序代码，特别是数据库查询部分，优化慢查询的SQL语句。可以使用EXPLAIN命令来分析SQL执行计划，根据分析结果添加或调整索引。
建立监控和预警机制，使用监控工具如Prometheus和Grafana来实时监控Tomcat的性能指标，如QPS、CPU使用率、慢查询数量等，设置阈值触发告警。
如果慢查询问题依然存在，可以考虑架构层面的优化，如读写分离、分库分表、垂直拆分和水平拆分等。
请注意，具体的优化措施需要根据实际的系统环境和应用需求来确定。在进行任何配置更改之前，建议先在测试环境中验证其效果，以确保不会对系统造成负面影响。