当Eclipse文件目录不见时，可以尝试以下解决方法：
检查文件系统：首先，确认文件目录是否被意外删除或移动到其他位置。可以使用系统的文件管理器或命令行工具搜索文件目录，确保它们未被误删除或移动。
恢复默认视图：在Eclipse中，可以尝试恢复默认视图来查看文件目录。右键单击Eclipse的顶级菜单栏，选择"Reset Perspective"或"Restore Default Perspective"选项来恢复默认视图。
更改工作空间：有时，Eclipse的工作空间可能已更改，导致文件目录不可见。尝试更改回先前的工作空间或创建一个新的工作空间，并在新的工作空间中导入项目。
检查过滤器设置：在Eclipse的导航器视图中，确保过滤器设置正确。导航器视图通常具有一个"Filters"选项，可以控制哪些文件或文件夹在视图中显示。
检查文件目录过滤器：检查工作空间目录下的".metadata"文件夹中的插件相关文件，如".metadata.plugins\org.eclipse.core.resources.projects"，确保文件目录没有被过滤器排除。
重新安装Eclipse：如果上述方法都无效，可以尝试重新安装Eclipse。卸载当前的Eclipse版本，并从官方网站下载最新版本，然后重新安装。
如果以上方法都无效，可能需要进一步检查操作系统和Eclipse的日志文件，或在相关的Eclipse社区或论坛上寻求帮助。