当PHP执行shell命令时间过长时，可以尝试以下解决方案：
检查命令是否耗时过长：首先确认执行的命令是否本身需要大量时间来完成。可以在命令行中手动执行该命令，观察执行时间是否正常。
优化命令：检查执行的命令是否存在可以优化的地方。比如，可以尝试使用更高效的命令选项、减少要处理的数据量等。
使用异步执行：将命令的执行放在后台，然后通过异步方式去执行该命令。可以使用诸如exec()或shell_exec()等函数，通过在命令行末尾添加&符号来实现。
使用系统级别的工具：有些命令可能可以通过系统级别的工具来完成，比如使用Cron作业或后台进程来处理。
增加执行时间限制：虽然不是最佳解决方案，但可以通过在PHP配置文件中增加max_execution_time的值来增加脚本执行的最大时间限制。但需要注意不要将该值设置得过高，以免导致服务器资源的过度占用。
考虑使用其他语言或工具：如果对于处理命令的响应时间非常敏感，并且PHP执行时间无法满足要求，可以考虑使用其他更适合的语言或工具来完成该任务。
注意：在执行shell命令时，需要确保对用户输入数据进行充分的验证和过滤，以防止命令注入等安全风险。