在使用nohup运行PHP脚本时，可以采取以下几种措施来确保数据安全：
使用日志记录：在PHP脚本中添加日志记录功能，将脚本运行过程中的输出和错误信息记录到日志文件中。这样即使脚本意外终止，也可以通过查看日志文件来了解脚本的执行情况。
使用数据库事务：如果PHP脚本涉及到数据库操作，可以在脚本开始时开启一个数据库事务，并在脚本结束时提交事务或者回滚事务。这样可以确保在脚本运行过程中发生异常时能够保持数据的一致性。
定期备份数据：定期备份PHP脚本运行所涉及到的数据，以防止数据丢失或损坏。可以设置定时任务或使用专门的备份工具来进行数据备份。
使用监控工具：可以使用监控工具来监控PHP脚本的运行状态，及时发现异常情况并采取相应的处理措施。
通过以上措施可以有效地确保在使用nohup运行PHP脚本时数据的安全性。