FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP标志位用于启动一个新的Activity时，如果该Activity已经在栈中存在，则将其之上的Activity都销毁掉，只保留该Activity在栈中。这样可以使得返回键返回到该Activity时，不会经过之前的Activity。
如果FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP不起作用，可能有以下几个原因：
使用了singleTask启动模式：如果Activity的启动模式设置为singleTask，那么FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP将不起作用，因为singleTask模式下，启动该Activity时会先销毁栈中所有在该Activity之上的Activity，然后再创建该Activity。
Activity的launchMode设置为standard：如果Activity的launchMode设置为standard，那么FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP可能不起作用。因为standard模式下，每次启动Activity都会创建一个新的实例，并放入栈中，而不会检查栈中是否已存在该Activity实例。所以即使设置了FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP，依然会创建新的Activity实例。
FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK：如果启动Activity的Intent设置了FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK标志位，那么FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP将不起作用。因为FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK会将该Activity所在的task中的所有Activity都销毁掉，然后再启动该Activity。
使用了Intent的TaskStackBuilder：如果使用了TaskStackBuilder来创建Intent，并且设置了FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP，那么FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP可能不起作用。因为TaskStackBuilder会根据需要自动添加FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK标志位，以创建一个新的task，并将Intent放入该task中，这会导致FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP不起作用。
以上是一些可能导致FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP不起作用的原因，具体要根据具体的代码和使用场景来分析和排查问题。