是的，可以在Ubuntu系统下同时使用Eigen和CUDA。Eigen是一个C++模板库，用于线性代数计算，而CUDA是用于在NVIDIA GPU上进行并行计算的编程模型。您可以在使用Eigen进行CPU端计算的同时，使用CUDA在GPU上进行并行计算，从而充分利用CPU和GPU的计算能力。您可以通过在CMake中正确配置Eigen和CUDA的库路径和链接选项来实现这一点。请注意，您需要确保您的GPU支持CUDA，并且正确安装了CUDA工具包。