要在Storm中进行版本升级和拓扑重构而不中断正在处理的数据流，可以采取以下步骤：
准备新版本的拓扑：首先，您需要准备新版本的拓扑，包括对现有拓扑的修改或增加新的组件。确保新版本的拓扑能够处理来自旧版本拓扑的数据，并且具备兼容性。
平滑升级：在进行版本升级和拓扑重构时，可以采取平滑升级的方式，即逐步替换和迁移旧版本的组件到新版本的拓扑中，而不是一次性替换整个拓扑。这样可以保持数据流的连续性，避免中断。
使用灰度发布：可以先将新版本的拓扑在部分节点上进行灰度发布，测试其稳定性和性能。一旦确认新版本没有问题，再逐步将其应用到所有节点上。
数据迁移：在进行拓扑重构时，可能需要对数据进行迁移。可以使用Storm提供的工具或自定义的数据迁移脚本来确保数据的完整性和一致性。
监控和调优：在升级和重构过程中，需要不断监控拓扑的运行状态和性能表现，及时发现和解决问题。可以根据监控数据进行调优和优化，提高拓扑的稳定性和性能。
通过以上步骤，可以在Storm中实现版本升级和拓扑重构，同时保持数据流的连续性，确保业务的持续运行。