在Linux系统中管理Java项目，通常涉及多个方面，包括项目管理、版本控制、构建工具、持续集成等。以下是一些常用的工具和方法：
项目管理工具
- JIRA：最受欢迎和广泛使用的工具之一，提供丰富的项目管理功能，支持敏捷开发和瀑布模型，具备强大的扩展性和高度自定义的工作流体系。
- Redmine：开源的项目管理工具，具有问题跟踪、时间跟踪、文档管理等功能，支持多项目管理，提供丰富的插件。
- Taiga：开源的项目管理工具，主要用于敏捷项目的管理，提供任务管理、缺陷跟踪、时间跟踪等功能，界面简洁美观，用户体验良好。
- OpenProject：开源的、基于Web的项目管理应用程序，提供任务管理、时间跟踪、文档管理等功能，支持多项目管理，提供细粒度的权限控制。
- MyCollab：高性能、稳定而且安全的商业平台，用于CRM客户关系管理、项目和文档管理，基于Java开发，提供开源的社区版本。
- PingCode：专为研发项目管理设计的工具，提供全面的研发项目管理解决方案，支持敏捷开发、瀑布模型等多种项目管理模式。
版本控制工具
- Git：目前最流行的版本控制系统，支持分布式操作，适合团队协作开发。
- SVN：虽然是一个“老前辈”，但在很多企业还在广泛使用，结构简单，学习曲线平缓。
- Mercurial：轻量级版本控制系统，特别适合小型项目。
构建工具
- Maven：一个流行的Java项目管理和构建工具。可以用来管理项目依赖、编译代码和打包应用程序。
- Gradle：另一个流行的项目构建工具，提供了灵活的构建脚本和高效的依赖管理。
持续集成工具
- Jenkins：一个流行的开源持续集成工具，可以通过安装必要的软件、配置Jenkins、编写Jenkinsfile以及设置版本控制系统等步骤来设置Java项目的持续集成环境。
- GitLab CI/CD：如果使用GitLab进行代码管理，可以使用GitLab CI/CD实现持续集成和自动化构建。
其他工具
- SDKMAN：用于管理多个版本的软件，包括Java。
- jEnv：一个轻量级的版本切换助手，允许你在已安装的Java版本之间灵活切换。
以上就是在Linux系统上管理Java项目的一些常用工具和方法，具体选择应根据团队的具体需求、项目规模、预算以及团队的熟悉程度来决定。