设置虚拟主机网站的安全措施可以采取以下步骤：
更新和维护软件：定期更新网站所使用的内容管理系统（如WordPress、Joomla等）和插件/模块，以获取最新的安全补丁和功能。
使用强密码：确保所有的登录凭证（如FTP、数据库和控制面板）都使用强密码，并定期更改密码以增加安全性。
使用SSL证书：安装并启用SSL证书，使网站的数据传输加密，保护用户的敏感信息。
过滤用户输入：对所有用户输入的数据进行过滤和验证，防止恶意代码注入和跨站脚本攻击（XSS）。
配置文件权限：确保网站的配置文件和敏感数据文件的权限设置为只读，防止非授权访问和修改。
安全备份：定期备份网站的文件和数据库，以便在发生安全问题或数据丢失时能够快速恢复。
使用防火墙和入侵检测系统（IDS）：配置虚拟主机服务器的防火墙和IDS，以监测和阻止恶意的网络流量。
限制文件上传：限制文件上传的类型和大小，并对上传的文件进行安全扫描，以防止上传恶意文件。
安全日志记录：启用和监控服务器的安全日志，以便及时发现和应对潜在的安全威胁。
安全审计：定期对网站进行安全审计，查找和修复潜在的安全漏洞和配置错误。
需要注意的是，以上措施只是一些基本的安全设置，对于高度敏感的网站或需要更高级别的安全性的网站，可能需要额外的安全措施和专业的安全团队进行定制化设置。