优化MySQL员工管理系统可以从以下几个方面进行：
选择合适的存储引擎：根据员工管理系统的需求，选择合适的存储引擎。例如，InnoDB是一个功能强大且广泛使用的存储引擎，支持事务处理、行级锁定和恢复功能。
数据库表设计：合理设计数据库表结构，遵循范式原则，减少数据冗余。例如，员工信息、部门信息和职位信息等可以分别设计成不同的表。同时，为表添加合适的索引，提高查询效率。
分区表：对于大型的员工管理系统，可以考虑使用分区表技术，将数据按照某种规则分散到多个物理文件中，提高查询和管理效率。
优化SQL查询：避免使用SELECT *，只查询需要的字段；尽量减少JOIN操作；使用LIMIT分页查询；避免在WHERE子句中使用函数和表达式等。
缓存策略：使用缓存技术，如Redis或Memcached，将热点数据存储在内存中，减少对数据库的访问压力。
读写分离：将读操作和写操作分开，使用主从复制技术，将读操作分散到从数据库上，提高系统并发处理能力。
数据库连接池：使用数据库连接池技术，复用数据库连接，减少建立和关闭连接的开销。
数据库优化工具：使用MySQL自带的优化工具，如mysqltuner、pt-query-digest等，分析数据库性能瓶颈，进行相应的优化。
监控与调优：定期监控数据库性能指标，如查询响应时间、锁等待时间等，发现并解决性能问题。同时，根据监控数据进行调优，持续优化数据库性能。
代码优化：在应用程序中，合理使用数据库查询，避免N+1查询问题；使用批量操作，减少数据库访问次数；使用预编译语句，提高执行效率等。