在Tomcat中运行PHP应用时，通常会使用PHP的日志记录功能来记录应用程序的运行日志。PHP提供了多种日志记录方式，包括使用内置的error_log函数、使用Apache的error_log指令、使用PHP的syslog函数等。
在Tomcat中，可以通过配置PHP的php.ini文件来指定日志记录的方式和级别。可以使用error_log指令来指定错误日志的路径，例如：
error_log = /var/log/php_errors.log
这样就会将PHP应用的错误日志记录到指定的文件中。另外，还可以通过设置log_errors指令来开启或关闭错误日志记录功能，以及通过设置error_reporting指令来指定需要记录的错误级别。
除了错误日志外，PHP应用还可以使用自定义的日志文件来记录应用程序的运行日志。可以通过在应用程序中使用文件操作函数来创建、写入和关闭日志文件，从而实现自定义的日志记录功能。例如：
$logFile = '/var/log/myapp.log';
$message = 'This is a log message.';
file_put_contents($logFile, $message . PHP_EOL, FILE_APPEND);
通过以上方式，可以将运行日志记录到指定的日志文件中。当然，也可以使用第三方的日志记录库，如Monolog等，来实现更加灵活和强大的日志记录功能。
总的来说，在Tomcat中运行PHP应用时，可以通过配置php.ini文件和使用PHP提供的日志记录功能来实现应用程序的日志记录功能，从而方便地进行错误排查和性能优化。