Eclipse运行程序错误500通常是由于程序出现了内部服务器错误或者代码中存在bug引起的。解决此问题可以尝试以下方法：
检查代码中是否存在错误：查看代码中是否有语法错误、逻辑错误或者其他可能引起服务器错误的问题。可以使用调试工具或者日志来定位问题。
检查服务器配置：确保项目的服务器配置正确，并且服务器能够正常运行。可能需要检查服务器的日志以了解更多详细信息。
清理项目：在Eclipse中进行Clean操作，可以清理项目的构建缓存和临时文件，并重新构建项目。
更新Eclipse和相关插件：如果使用的是旧版本的Eclipse或者插件，可能会存在一些已知的bug。尝试更新到最新版本，并查看是否有相关的修复。
重启Eclipse：有时候，Eclipse可能会出现一些未知的问题，重启Eclipse可能会解决一些临时的问题。
重建工作区：如果上述方法都无效，可以尝试创建一个新的工作区，并将项目导入新的工作区。有时候，工作区可能会损坏，导致一些奇怪的问题出现。
如果上述方法都无效，可以尝试搜索更多关于具体错误500的解决方法，或者向相关论坛或社区寻求帮助。