是的，MATLAB的plotyy函数可以用来绘制两条线，并且可以为这两条线指定不同的颜色。plotyy函数的基本语法是：
plotyy(x, y1, x, y2, 'PropertyName1', value1, 'PropertyName2', value2, ...)
其中，x和y1是第一组数据，x和y2是第二组数据。你可以通过'PropertyName1', value1, 'PropertyName2', value2, ...来指定线的属性，包括颜色。
例如，如果你想绘制两条线，一条红色，一条蓝色，你可以这样做：
x = [0, 1, 2, 3];
y1 = [1, 4, 9, 16];
y2 = [1, 1, 1, 1];
plotyy(x, y1, x, y2, 'Color', 'r', 'Color', 'b')
在这个例子中，'Color', 'r'将第一条线的颜色设置为红色，'Color', 'b'将第二条线的颜色设置为蓝色。
注意：在较新版本的MATLAB中，plotyy函数可能已被弃用，建议使用其他函数，如plot结合hold on和plot等方式来实现类似的功能。但是，plotyy在一些旧版本的MATLAB中仍然可用，所以如果你正在使用的是一个较旧的版本，那么上述方法仍然适用。