配置VPS数据库的方法通常包括以下步骤：
安装数据库软件：根据需要选择合适的数据库软件，如MySQL、PostgreSQL等，并按照官方文档进行安装。
配置数据库服务器：通过编辑数据库配置文件，通常是在/etc/mysql/my.cnf或/etc/postgresql/[version]/main/postgresql.conf中，设置数据库服务器的参数，如监听地址、端口号、缓冲区大小等。
配置访问权限：通过编辑数据库的访问控制文件，通常是/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf或/etc/postgresql/[version]/main/pg_hba.conf，设置数据库的访问权限，包括允许访问的IP地址、用户名和密码等。
启动数据库服务：通过运行适当的命令，如service mysql start或systemctl start postgresql，启动数据库服务。
连接数据库：使用数据库客户端工具，如MySQL的mysql命令行工具或图形化工具，连接到数据库服务器，并进行必要的操作，如创建数据库、创建用户、分配权限等。
需要注意的是，具体的配置方法可能会因数据库软件的不同而有所区别，建议参考相应数据库软件的官方文档进行配置。