Compton配置不生效可能有以下几个原因：
配置文件路径错误：确保配置文件位于正确的路径，通常是位于~/.config/compton.conf或/etc/xdg/compton.conf。
配置文件内容错误：检查配置文件是否有语法错误或使用了不支持的选项。可以参考警告信息进行配置调整，例如，将弃用的选项替换为支持的选项。
Compton服务未重启：在修改配置文件后，需要重启Compton服务以使更改生效。可以使用以下命令重启Compton：
killall compton
compton &
或者，如果Compton是以系统服务的形式运行的，可以使用以下命令：
systemctl restart compton
配置文件未被加载：如果Compton是以系统服务的形式运行的，确保服务文件已正确配置并启用。可以检查/etc/systemd/system/compton.service文件，确保ExecStart指向正确的配置文件路径。
依赖服务问题：确保所有依赖的服务（如显卡驱动、窗口管理器等）正常运行。可以使用journalctl命令检查服务的状态和错误信息。
权限问题：确保配置文件和Compton服务有正确的权限。可以使用chown和chmod命令调整文件和目录的所有者和权限。
系统更新：如果系统最近进行了更新，可能会导致配置文件的位置或内容发生变化。检查系统更新日志，确认是否有相关的更改。
Compton版本问题：不同版本的Compton可能有不同的配置选项和默认行为。确保你参考的是适用于你的Compton版本的配置指南。
如果以上步骤都无法解决问题，可以查看Compton的日志文件，通常位于~/.cache/compton/目录下，以获取更多关于配置错误的详细信息。此外，也可以参考Compton的官方文档或在社区论坛寻求帮助。