是的，Linux同步工具通常会保留文件的权限设置。这意味着在文件同步过程中，文件的权限信息（包括文件所有者、文件所属组、文件权限模式等）会被保留下来。这样可以确保文件在同步后仍然保持相同的权限设置，确保文件的安全性和完整性。