要确保PHP与Socket.IO之间的安全连接，你需要实施以下措施：
使用HTTPS：使用SSL/TLS加密的HTTPS协议来传输数据，以确保连接的安全性。
验证客户端证书：在建立连接时，验证客户端的证书以确保其身份的真实性。这有助于防止中间人攻击。
使用JWT（JSON Web Tokens）：使用JWT对客户端进行身份验证和授权。JWT可以在服务器之间安全地传输信息，并且可以验证客户端的身份。
限制连接速率：为了防止暴力攻击或拒绝服务攻击（DoS），可以限制每个IP地址在特定时间段内的连接速率。
使用CORS策略：配置跨源资源共享（CORS）策略，以允许只有来自受信任域名的请求访问你的Socket.IO服务器。
使用防火墙和入侵检测系统：部署防火墙和入侵检测系统，以监控和阻止潜在的恶意流量。
保持软件更新：定期更新你的服务器软件、PHP、Socket.IO和其他相关组件，以确保安全性漏洞得到及时修复。
限制可用的socket.io事件：限制客户端可以订阅的事件，以防止潜在的信息泄露。
使用安全的编码实践：确保在处理用户输入时使用参数化查询和预处理语句，以防止SQL注入等攻击。
启用日志记录和监控：记录和监控你的服务器活动，以便在出现安全问题时能够快速发现和响应。
通过实施这些措施，你可以大大提高PHP与Socket.IO之间安全连接的安全性。