lncrna

lncrna数据库的数据来源有哪些

小樊
81
2024-12-23 14:53:57
栏目: 大数据

lncRNA(长非编码RNA)数据库的数据来源主要包括以下几种:

  1. RNA Central:整合了NCBI GenBank、European Nucleotide Archive (ENA)、DNA Data Bank of Japan (DDBJ)、RefSeq、Rfam、miRBase等多个公共数据库中的RNA序列和注释信息。此外,还包括文献报道中的RNA序列和相关信息,以及来自其他数据库的RNA序列和结构数据。
  2. RiceLncPedia:专门收集整理水稻(Oryza sativa)长链非编码RNA(lncRNA)的数据库,数据来源于NCBI GenBank、RAP-DB、TIGR Rice Genome Annotation Project、MSU Rice Genome Annotation Project Database、Rice Genome Resource Center等。
  3. LncRNADisease:可以查看lncRNA与疾病关系的数据库,数据来源包括文献报道和其他公共数据库。
  4. NONCODE:收集和整合了全球范围内的非编码RNA序列和注释信息,数据来源包括GENCODE、RefSeq、Ensembl和其他公共数据库。
  5. LNCipedia:广泛收集、注释和分类lncRNA的数据库,数据来源于公开可获得的文献和其他公共数据库,如GENCODE和Ensembl。
  6. LncBook:整合了GENCODE、NONCODE、CHESS、LNCipedia、FANTOM-CAT、BIGTranscriptome等10余个数据库的lncRNA数据,提供全面高质量的人类lncRNA集合和参考文件。

这些数据库通过整合不同来源的RNA序列和注释信息,为RNA生物学研究提供了一个全面而准确的资源,促进了RNA研究的发展。

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