在PHP中处理application/json数据时，可能会遇到以下几个问题：
数据解析错误：当接收到的JSON数据格式不正确或包含非法字符时，使用json_decode()函数解析数据可能会失败。这种情况下，需要检查发送方的数据格式是否正确。
编码问题：如果JSON数据包含特殊字符或非ASCII字符，可能会导致解析错误。为了解决这个问题，可以在使用json_encode()和json_decode()函数时指定正确的编码选项，例如使用JSON_UNESCAPED_UNICODE选项。
数据类型问题：在解析JSON数据时，需要注意数据类型的转换。例如，JSON中的数字可能会被转换为PHP的整数或浮点数，而字符串则会被转换为PHP的字符串。在处理这些数据时，需要确保数据类型的正确性。
大数字处理：当JSON数据中包含非常大的数字时，PHP可能无法正确处理。这是因为PHP的整数和浮点数类型有大小限制。为了解决这个问题，可以使用JSON_BIGINT_AS_STRING选项将大数字作为字符串处理。
安全性问题：处理JSON数据时，需要注意安全性问题，例如XSS攻击、SQL注入等。在处理用户输入的数据时，需要进行适当的过滤和验证，以确保数据的安全性。
性能问题：处理大量的JSON数据可能会导致性能问题。为了提高性能，可以考虑使用更高效的JSON库，例如第三方库，或者使用PHP的json_decode()函数的选项来优化解析速度。
错误处理：在处理JSON数据时，需要注意错误处理。例如，使用json_last_error()函数检查json_decode()函数是否出现错误，并根据错误类型进行相应的处理。
兼容性问题：不同版本的PHP可能对JSON处理有不同的实现。为了确保代码的兼容性，需要检查所使用的PHP版本是否支持相应的JSON处理功能。