在Linux系统上进行Java应用程序的性能测试，可以采用以下几种方法和工具：
1. 使用JMH进行微基准测试
JMH（Java Microbenchmark Harness）是一个专门用于Java和其他JVM语言的微基准测试工具。它提供了高精度、易用性、多模式测试和多维度测试等特点。
- 安装JMH：可以通过Maven来管理JMH依赖。
- 编写基准测试：使用JMH注解来编写基准测试方法。
- 运行基准测试：使用Maven构建并运行基准测试。
2. 使用JVM内建工具进行性能监控
JDK自带的工具如jstat、jmap、jstack等，可以用于监控JVM的垃圾回收情况、查看内存使用情况、分析线程状态等。
- jstat：用于监控JVM的垃圾回收统计信息和类加载情况等。
- jmap：用于生成堆转储或打印出堆的内存映射，帮助分析内存使用情况。
- jstack：用于生成Java线程的堆栈跟踪信息，有助于分析线程状态和死锁等问题。
3. 使用可视化工具进行性能分析
- VisualVM：集成了多种JDK自带的诊断工具，提供更丰富的性能数据。
- JConsole：Java自带的图形化监控工具，可以查看JVM内存、线程、类加载、垃圾回收等信息。
4. 使用APM工具进行性能监控
APM（Application Performance Management）工具如Prometheus和Grafana，可以实时监控和展示Java应用程序的性能指标。
- 配置APM工具：通过将Java应用程序与Prometheus监控系统和Grafana可视化工具结合使用，可以实时监控和展示Java应用程序的性能指标。
5. 使用负载测试工具进行性能测试
- Apache JMeter：用于进行负载测试和性能测试，可以模拟多用户并发请求。
6. 使用系统性能测试工具
- Phoronix Test Suite：一个跨平台的性能测试和基准测试工具，可用于评估各种计算机系统的性能。
7. 使用脚本自动化性能监控
可以编写脚本使用jstack等工具自动记录Java函数栈信息，分析性能问题。
通过上述方法，可以对Java应用程序在Linux环境下的性能进行全面测试和分析，从而找到性能瓶颈并进行优化。