配置JNDI数据源有以下步骤：
配置数据源：在应用服务器的配置文件中配置数据源的连接信息，包括数据库连接的URL、用户名、密码等。
在应用程序中引用数据源：在应用程序的代码中通过JNDI API来引用数据源。一般是通过JNDI上下文对象来查找数据源。
配置数据源的JNDI名称：在应用服务器的配置文件中配置数据源的JNDI名称，应用程序通过该名称来查找数据源。
在应用程序中使用数据源：通过JNDI查找到数据源后，应用程序就可以使用数据源来获取数据库连接，执行SQL语句等操作。
总的来说，配置JNDI数据源的步骤就是配置数据源的连接信息、配置数据源的JNDI名称，然后在应用程序中通过JNDI API引用数据源并使用数据源。