SSL证书的根证书存放在客户端或服务器端的信任存储库中。在客户端中，根证书通常存放在操作系统或浏览器的信任存储库中，以便验证服务器发送的SSL证书。在服务器端，根证书通常存放在Web服务器的SSL/TLS配置文件中，以便验证客户端发送的SSL证书。这些根证书由可信的证书颁发机构（CA）签发，并用于建立SSL/TLS连接的信任链。