在Git中，初始化仓库是创建一个全新的空仓库，而合并分支是将两个或多个分支的更改合并到一个分支中。因此，初始化仓库和合并分支是两个不同的操作，它们之间没有直接的联系。
当你初始化一个Git仓库时，你会创建一个新的仓库，并且默认情况下会有一个主分支（通常是master分支）。如果你想要将其他分支的更改合并到主分支中，你可以使用Git的合并命令（如git merge）来完成这个操作。
总的来说，Git初始化和合并分支是两个不同的操作，它们分别用于创建一个新的仓库和将不同分支的更改合并在一起。