docker run -e 是用来设置容器的环境变量的参数，可以在启动容器的时候动态地设置环境变量的值。在docker run命令中使用-e参数可以覆盖容器中已有的环境变量值，或者添加新的环境变量。
而配置文件通常用来存储容器的配置信息，包括环境变量、端口映射、数据卷等。在docker run命令中可以通过--env-file参数来指定一个配置文件，该配置文件中包含了要设置的环境变量的键值对信息。这样可以方便地管理容器的配置信息，避免在命令行中重复输入环境变量的值。
综上所述，docker run -e和配置文件的关系是，docker run -e用来动态设置容器的环境变量，而配置文件用来存储容器的配置信息，包括环境变量。可以通过--env-file参数将配置文件中的环境变量值设置到容器中。