在Ubuntu系统下，管理PHP文件可以通过以下几个方面来进行：
文件组织： 将PHP文件按照功能或者模块进行分类，存放在不同的目录中。例如，可以将与用户相关的文件放在一个名为"user"的文件夹中，将与订单相关的文件放在一个名为"orders"的文件夹中。这样可以方便地找到和管理文件。
命名规范： 使用有意义的文件名，遵循一定的命名规范。例如，可以使用驼峰命名法（camelCase）或下划线分隔命名法（snake_case）来命名文件。同时，尽量避免使用特殊字符，以免引起不必要的错误。
版本控制： 使用版本控制系统（如Git）来管理PHP文件的变更历史。这样可以方便地追踪文件的修改记录，以及在多个开发者之间协作。
权限管理： 合理设置文件和目录的权限，确保只有授权的用户才能访问和修改文件。例如，可以将敏感信息（如数据库密码）存储在一个只有管理员才能访问的文件中，并设置相应的权限。
备份策略： 定期备份PHP文件，以防意外丢失。可以使用自动备份工具（如rsync）或者手动备份文件到其他存储设备（如外部硬盘、云存储等）。
代码规范和优化： 遵循一定的代码规范，编写简洁、易读的PHP代码。同时，定期对代码进行优化，以提高性能和可维护性。
使用IDE或文本编辑器： 使用集成开发环境（IDE）或文本编辑器（如Visual Studio Code、Sublime Text等）来编写和管理PHP文件。这些工具可以提供语法高亮、代码提示、自动补全等功能，提高开发效率。
通过以上几个方面的管理，可以使Ubuntu下的PHP文件更加有序、易于维护和协作。