在Debian系统下管理JavaScript（JS）文件，通常涉及以下几个关键步骤：
首先，确保你已经在Debian系统上安装了Node.js和npm（Node.js的包管理器）。如果没有安装，可以通过以下命令安装：
sudo apt update
sudo apt install nodejs npm
在你的项目文件夹中，打开终端并运行以下命令来初始化一个新的Node.js项目：
npm init
按照提示填写项目信息，完成后会生成一个package.json文件，用于存储项目的元数据和依赖关系。
虽然npm本身不是版本控制工具，但它可以帮助你管理项目依赖。对于JavaScript代码的版本控制，我们通常使用Git。在Debian系统上安装Git，运行以下命令：
sudo apt-get update
sudo apt-get install git
在你的项目文件夹中，运行以下命令来初始化一个新的Git仓库：
git init
这将在项目文件夹中创建一个名为.git的隐藏文件夹，用于存储版本控制信息。
使用以下命令将项目文件添加到Git仓库：
git add .
这会将项目中的所有文件添加到暂存区。如果你只想添加特定文件，可以使用git add filename。
运行以下命令将暂存区的更改提交到Git仓库：
git commit -m "Initial commit"
这里的-m参数后面跟着的是提交信息，用于描述本次提交的目的。
如果你想将项目托管在远程仓库（如GitHub、GitLab等），你需要先在相应的平台上创建一个新的仓库。然后，将远程仓库的URL添加到本地仓库中：
git remote add origin https://github.com/username/repository.git
将https://github.com/username/repository.git替换为你的远程仓库URL。
将本地仓库的更改推送到远程仓库：
git push -u origin master
这会将本地的master分支推送到名为origin的远程仓库，并设置上游跟踪关系。
使用以下命令查看提交历史：
git log
创建新分支：
git branch new-branch
切换到新分支：
git checkout new-branch
将新分支合并到主分支：
git checkout master
git merge new-branch
如果在合并过程中出现冲突，Git会提示你解决这些冲突。你需要手动编辑冲突文件，然后再次提交更改。
通过以上步骤，你可以在Debian系统中有效地管理JavaScript文件，包括版本控制。根据具体需求，你可能还需要配置其他工具和服务，如Webpack（用于打包和转译代码）、Babel（用于转译ES6+代码）等。