在Debian上优化PHP数据库查询的方法有很多。以下是一些建议：
选择合适的数据库引擎：根据项目需求选择合适的数据库引擎，如MySQL、PostgreSQL或SQLite。不同的数据库引擎具有不同的性能特点。
使用最新版本的PHP和数据库：确保使用最新版本的PHP和数据库，因为它们通常包含性能改进和bug修复。
优化数据库结构：合理设计数据库表结构，避免冗余数据，使用合适的数据类型和索引。
使用预处理语句：使用预处理语句（如PDO或MySQLi）可以提高查询性能并防止SQL注入攻击。
缓存查询结果：对于不经常变化的数据，可以使用缓存技术（如Redis或Memcached）来存储查询结果，从而减少数据库负载。
限制查询结果集：使用LIMIT子句来限制查询结果集的大小，避免一次性加载过多数据。
关闭不必要的连接：在使用完数据库连接后，确保关闭连接以释放资源。
使用慢查询日志：启用数据库的慢查询日志功能，以便找出执行时间较长的查询，并针对这些查询进行优化。
分析和优化SQL查询：使用EXPLAIN命令分析查询的执行计划，找出性能瓶颈并进行优化。
使用并发和异步处理：对于耗时的数据库操作，可以考虑使用多线程、多进程或异步处理技术来提高性能。
调整数据库配置：根据服务器的硬件资源和项目需求，调整数据库的配置参数，如内存分配、连接数等。
监控和调优系统资源：定期监控服务器的CPU、内存、磁盘和网络使用情况，根据实际情况进行调优。
通过以上方法，可以在Debian上优化PHP数据库查询，提高应用程序的性能。