确保PHP运行时的安全性是一个多层面的任务，涉及到代码编写、环境配置、安全策略的实施等多个方面。以下是一些关键措施，可以帮助提高PHP运行时的安全性：
使用安全的PHP版本：始终使用最新稳定版本的PHP，因为它包含了最新的安全修复和改进。
代码审查：定期进行代码审查，以发现和修复潜在的安全漏洞。
参数化查询：使用预处理语句和参数化查询来防止SQL注入攻击。
输入验证：对所有用户输入进行严格的验证和清理，确保数据符合预期的格式和类型。
输出编码：在将数据输出到浏览器之前，对其进行适当的编码，以防止跨站脚本攻击（XSS）。
错误处理：禁用错误报告功能，或者配置错误处理程序以记录错误信息，而不是将其显示给用户。
文件权限管理：确保文件和目录的权限设置正确，以防止未授权访问。
使用安全的编码实践：遵循安全的编码标准和最佳实践，例如使用适当的变量命名约定和处理用户可控制的数据。
安全头信息：设置安全相关的HTTP头信息，如Content-Security-Policy (CSP)、X-Frame-Options、X-XSS-Protection等，以增强网页的安全性。
限制资源使用：通过设置资源限制，如内存、CPU和执行时间，来防止恶意脚本消耗过多资源。
使用安全的会话管理：确保会话ID是随机生成的，并且会话数据在存储时进行加密。
安全地处理文件上传：限制文件上传的类型和大小，对上传的文件进行病毒扫描，并确保上传的文件不会被用作执行恶意代码的载体。
网络安全：部署先进的网络安全解决方案，如Web应用防火墙（WAF）、分布式拒绝服务（DDoS）攻击防护等。
定期安全审计：定期对PHP环境进行安全审计，检查配置、依赖项和代码，以确保没有新的安全漏洞被引入。
安全培训：对开发人员进行安全培训，提高他们对常见网络攻击的认识和防范能力。
通过实施这些措施，可以显著提高PHP应用程序的安全性，减少潜在的风险。然而，安全是一个持续的过程，需要不断地监控、评估和改进安全措施。