MyBatis二级缓存的缺点包括：
数据不一致性：当多个会话对同一数据进行更新操作时，可能会导致二级缓存中的数据与数据库中的数据不一致。
内存占用：二级缓存将查询结果缓存在内存中，如果缓存数据较多，占用的内存会比较大。
缓存过期问题：二级缓存中的数据可能因为时间过期或者其它原因而失效，导致查询结果不准确。
分布式环境下的问题：在分布式环境下，各个应用实例之间的二级缓存是相互独立的，可能会导致数据不一致性的问题。
对象关系映射问题：MyBatis使用了对象关系映射（ORM）的方式来操作数据，而二级缓存只能缓存查询结果，不能缓存对象的关系。
缓存穿透问题：如果一个查询请求的结果在数据库中不存在，那么每次请求都会穿透缓存，导致缓存失效。
对象更新问题：如果在更新一个对象时，没有正确地清除缓存中的对应数据，可能会导致查询到过期的数据。