是的，PHP中的file_put_contents函数可以用来处理二进制文件。您可以直接将二进制数据写入文件，或者将二进制数据存储在变量中，然后使用file_put_contents将其写入文件。以下是一个示例：
$data = file_get_contents('binary_file.bin');
file_put_contents('output_file.bin', $data);
请注意，使用二进制数据时要格外小心，确保不会丢失数据或者导致文件损坏。您可能需要在处理二进制数据时使用一些额外的处理和验证。