总体结论
在 JVM 层面，Java 程序在不同操作系统上的行为是一致的；差异主要来自系统的包管理、默认版本策略、JDK/JRE 包命名与切换机制，以及底层 C 库（glibc/musl）对本地依赖和容器镜像选择的影响。日常开发与运行 Java 应用，跨系统差别通常不大；只有在涉及系统库、JNI、字体、容器基础镜像或版本管理策略时，才会感受到明显不同。
与 Windows 的差异
- 安装与配置：Windows 多使用官方安装包并设置 JAVA_HOME 与 PATH；Linux（如 Debian）多用包管理器安装 OpenJDK，并通过 update-alternatives 切换版本。
- 文件系统与路径：Windows 用反斜杠“\”，Linux 用正斜杠“/”；跨平台代码应使用 File.separator 或 Path API 处理路径。
- 命令行与权限：命令形式相似（javac/java），但 Linux 需注意文件权限与执行权限。
- 性能与线程：在某些工作负载下，Linux 的线程调度与内存管理可能带来不同的性能表现。
以上差异对 Java 的“跨平台”特性影响可控，关键在于遵循平台无关编码实践。
与 Linux 其他发行版的差异
- 包命名与开发包：不同发行版的 JDK/JRE 包名不同，容易误装仅含运行时的包。
- Debian/Ubuntu：运行时多为 openjdk-21-openjdk，开发需 openjdk-21-openjdk-devel。
- Fedora/RHEL：运行时多为 java-21-openjdk，开发需 java-21-openjdk-devel。
- 默认 JDK 与架构差异：Debian 的 default-jdk 随版本与架构而变（如 openjdk-11 或 openjdk-8 为某些版本的默认），可用 apt-cache depends default-jdk 查看依赖。
- 版本切换机制：Debian 提供 update-java-alternatives 统一管理 java/javac 等可执行文件的多版本切换。
这些差异属于“系统管理层面的习惯不同”，对 Java 字节码执行本身不构成影响。
容器与 JNI 场景的注意点
- 基础镜像选择：常见基础镜像为 Alpine、Debian、CentOS。
- Alpine 体积极小，但使用 musl，在深度依赖 glibc 或包含 JNI 的场景可能出现兼容性问题。
- 存在 glibc/JNI 依赖时，优先选择 Debian 或基于 Debian 的镜像更稳妥。
- 运行与调试：仅运行可只装 JRE；生产问题排查建议直接装 JDK，避免缺少 jstack/jmap 等工具。
- JDK 发行版：除 OpenJDK 外，还可选 Eclipse Adoptium/Temurin、Amazon Corretto、Azul Zulu、IBM Semeru 等，可按支持周期、容器镜像与 JVM 实现（如 HotSpot/OpenJ9）选择。
这些选择与系统底层 C 库和运维生态相关，对容器化交付尤为关键。