System.setProperty和环境变量都是用来设置系统属性的方式，但它们之间有一些关键的区别。
System.setProperty用于在Java程序中设置特定的系统属性，这些属性可以被程序访问和使用。例如，可以使用System.setProperty(“key”, “value”)来设置一个名为"key"的系统属性，并为其赋值"value"。
环境变量是在操作系统级别设置的全局变量，可以被所有程序和进程访问。环境变量通常用于配置系统的运行环境和设置一些全局参数。在Java程序中，可以使用System.getenv(“key”)来获取特定环境变量的值。
System.setProperty所设置的系统属性只在当前Java虚拟机中有效，而环境变量是全局的，可以被所有程序和进程访问。
通过System.setProperty设置的属性会在Java程序的运行期间有效，而环境变量则需要重新启动系统或者重新加载环境才能生效。
总的来说，System.setProperty用于在Java程序中设置特定的系统属性，而环境变量是在操作系统级别设置的全局变量。在实际应用中，可以根据具体的需求选择使用哪种方式来设置系统属性。