Linux Overlay文件系统是一种联合文件系统，它允许将多个目录合并为一个统一的视图。虽然Overlay在某些场景下非常有用，例如Docker容器和软件包管理器，但它也有一些缺点：
性能损失：由于Overlay需要合并多个目录，因此在访问文件时可能会产生额外的性能开销。这可能导致在某些情况下，Overlay文件系统的性能不如其他文件系统。
复杂性：Overlay文件系统的实现相对复杂，可能需要更多的开发和维护工作。此外，由于其依赖于底层文件系统的特性，因此在使用Overlay时可能需要考虑兼容性问题。
安全性问题：Overlay文件系统可能会引入一些安全风险。例如，如果一个应用程序试图修改Overlay文件系统中的文件，但实际上是在修改底层的只读层，这可能导致数据损坏或不一致。此外，Overlay文件系统可能无法完全隔离不同应用程序之间的文件访问，从而导致潜在的安全问题。
有限的跨平台支持：虽然Overlay文件系统在Linux系统中得到了广泛的应用，但在其他操作系统（如Windows和macOS）上的支持有限。这可能导致在不同平台上使用Overlay时遇到兼容性问题。
不适用于所有场景：Overlay文件系统并不适用于所有场景。例如，在需要高性能、高可靠性和高安全性的场景中，Overlay可能不是最佳选择。此外，对于某些特定的应用程序，Overlay文件系统可能无法提供所需的文件系统功能。