在Java应用程序中，配置冲突通常是由于多个配置文件中的相同配置项引起的。解决Java配置冲突的方法有以下几种：
确保配置文件唯一性：检查项目中是否存在多个配置文件，确保不同配置文件中不包含相同的配置项。如果有重复的配置项，可以将其整合到一个配置文件中。
优先级设置：对于不同的配置文件，可以设置不同的优先级，确保高优先级的配置文件会覆盖低优先级的配置文件中相同的配置项。
使用条件判断：在配置文件中使用条件判断语句，根据条件执行不同的配置项，避免配置冲突。
合并配置：将多个配置文件中相同的配置项合并成一个配置文件，避免重复配置。
使用配置管理工具：使用配置管理工具来管理配置文件，确保配置文件的一致性和唯一性。
通过以上方法，可以有效解决Java配置冲突的问题，确保应用程序正常运行。