在Ubuntu系统中，管理JavaScript文件的方法有很多种。以下是一些建议：
使用版本控制系统：使用版本控制系统（如Git）可以帮助您更好地管理JavaScript文件。通过版本控制，您可以轻松地跟踪文件的更改、创建分支、合并代码等。
项目结构：为了保持JavaScript文件的组织和可维护性，请确保遵循一定的项目结构。例如，您可以将库文件、自定义脚本、样式表等分别放在不同的文件夹中。
使用构建工具：使用构建工具（如Webpack、Gulp或Grunt）可以帮助您自动化一些任务，例如压缩、合并、编译等。这样可以提高工作效率，减少手动操作。
代码规范：遵循一定的代码规范（如ESLint、Airbnb的JavaScript风格指南）可以帮助您编写更易于阅读和维护的代码。
使用包管理器：使用包管理器（如npm或Yarn）可以帮助您轻松地安装、更新和管理JavaScript库和框架。
使用代码编辑器或IDE：使用功能强大的代码编辑器（如Visual Studio Code、Sublime Text或Atom）可以提高您的编程效率。这些编辑器通常具有语法高亮、代码补全、实时预览等功能，有助于更好地编写和管理JavaScript文件。
注释和文档：为您的JavaScript代码添加注释和文档，以便其他开发者更容易地理解和维护代码。
总之，要想在Ubuntu系统中更好地管理JavaScript文件，需要遵循一定的最佳实践和工具。这将有助于提高代码质量和可维护性。