PHP数据库优化的方法有以下几种：
合理设计数据库结构：根据需求和数据特点，选择合适的数据类型、字段属性、索引等，避免冗余和不必要的字段。
使用适当的索引：对经常进行查询的字段创建索引，可以加快查询速度。但要注意不要过度创建索引，因为索引会占用磁盘空间并且影响插入和更新操作的速度。
避免频繁的查询：可以使用缓存技术将经常使用的查询结果缓存起来，减少对数据库的频繁查询。
批量处理数据：在插入、更新和删除数据时，尽量使用批量操作，减少与数据库的交互次数，提高效率。
分页查询：对于大量数据的查询，可以使用分页技术，每次查询一部分数据，减少查询的数据量。
使用连接池：连接数据库是一项耗时的操作，使用连接池可以复用数据库连接，避免频繁的连接和断开，提高性能。
优化查询语句：使用合适的查询语句，避免使用全表扫描等慢查询操作，可以通过分析查询执行计划来优化查询语句。
开启数据库缓存：可以开启数据库缓存，将常用的查询结果缓存起来，减少数据库的压力。
使用数据库分区：对于数据量较大的表，可以进行分区存储，将数据分散到多个物理存储上，提高查询效率。
定期清理无用数据：定期清理无用的数据，可以减少数据库的存储空间，提高查询效率。
综上所述，通过合理设计数据库结构、使用适当的索引、批量处理数据、使用缓存等方法，可以提高PHP数据库的性能和查询效率。