MyBatis使用UUID的最佳实践是在数据库中定义字段为UUID类型，并在MyBatis的映射文件中使用#{uuid}来生成UUID值。在进行插入操作时，可以利用Java代码生成UUID，并将其传递给MyBatis进行插入操作。另外，也可以在数据库中定义一个默认值为UUID的字段，这样在插入数据时不必手动生成UUID，数据库会自动为其生成一个UUID值。这样可以确保数据的唯一性和安全性。