Java Encoder和Apache Commons都是用于编码和解码数据的工具库，但它们之间有一些不同点。
Java Encoder是Java SE平台的一部分，是Java标准库中的一个类。它提供了一些基本的编码和解码功能，如Base64编码、URL编码等。而Apache Commons是一个开源的Java工具库，提供了更多的编码和解码功能，如Hex编码、Base32编码等。
Apache Commons的编码和解码功能更加全面和灵活，可以满足更多复杂的编码需求。它提供了一些高级的编码工具类，如Base64、Base32等，并且支持自定义编码和解码规则。
Java Encoder是官方提供的标准库，使用起来更加简单方便，但功能相对较少。如果只是需要基本的编码和解码功能，可以考虑使用Java Encoder。如果需要更多的编码和解码功能，可以选择使用Apache Commons。
总的来说，Java Encoder适合简单的编码和解码操作，而Apache Commons适合复杂的编码和解码需求。根据具体的项目需求和功能要求选择合适的工具库。