在设计Java学生成绩管理系统时，需要注意以下几点：
模块划分：将系统划分为不同的模块，例如学生管理模块、课程管理模块、成绩管理模块等，每个模块应具有清晰的功能和职责。
数据结构设计：选择合适的数据结构来存储学生信息、课程信息和成绩信息，例如使用数组、链表或者哈希表等数据结构。
数据验证：对用户输入的数据进行验证，确保输入的数据符合系统的要求，例如对学生学号进行唯一性验证，对成绩进行合法性验证等。
数据持久化：使用数据库或者文件来存储学生信息、课程信息和成绩信息，确保数据的安全性和可靠性。
用户界面设计：设计用户友好的界面，使用户能够方便地进行学生信息的录入、查询和修改等操作，同时提供相应的错误提示和操作指引。
功能完备性：确保系统具有完备的功能，包括学生信息的录入、查询和修改、课程信息的录入、查询和修改、成绩录入和查询等功能。
权限控制：根据用户的身份和权限，对系统的功能进行控制，确保不同用户只能进行其具有权限的操作。
异常处理：对可能出现的异常情况进行处理，例如用户输入错误、数据库连接异常等，保证系统的稳定性和可靠性。
性能优化：对系统进行性能优化，例如使用合适的算法和数据结构，减少数据库查询次数，提高系统的响应速度。
测试和调试：在开发过程中进行充分的测试和调试，确保系统的功能和性能达到预期，同时修复可能存在的bug和问题。